Pokémon: la película Mewtwo Vs Mew.

Cronológicamente, la película Pokémon se encuentra situada antes (mientras Mewtwo estaba con Giovanni) y después (resto de sucesos ocurridos en la película) de la llegada de Ash Ketchum al gimnasio de Ciudad Verde para conseguir su última medalla para participar en la Liga Pokémon de la región Kanto.

La principal organización criminal en el mundo Pokémon, el Team Rocket, dirigida por su líder; Giovanni, desea un Pokémon tan fuerte como ninguno para ser usado como arma militar para la conquista del mundo. Por ello, Giovanni financia la creación de un genéticamente poderoso "super-clon" del extremadamente raro y poderoso Pokémon Mew. El proyecto, con el nombre clave Mewtwo, enoja a la criatura que despierta y destruye el laboratorio, matando a todos los científicos en el proceso tras descubrir su origen. Giovanni llega, intentando presentarse a sí mismo y hacer que Mewtwo sea su aliado, creyendo encontrar su verdadero propósito en la vida. En las siguientes semanas, Giovanni asigna a Mewtwo a una amplia selección de operaciones criminales del Team Rocket que incluyen la captura de Pokémon salvajes, entre otros. Tiempo después, Mewtwo descubre la verdad de Giovanni sobre su existencia.

Intentando calmar la ira de Mewtwo, Giovanni le ordena detener sus acciones, posiblemente provocando aún más la furia de Mewtwo dando como resultado la destrucción de la base de operaciones del Team Rocket. Mewtwo entonces abandona a Giovanni y vuela sobre las ruinas del laboratorio donde fue creado. Así Mewtwo decide encontrar su propio objetivo en la vida, y llevar a cabo su venganza sobre los seres humanos mediante la destrucción de la vida en la tierra. Por otro lado, Ash Ketchum, sus amigos Misty y Brock, reciben una invitación para viajar a una misteriosa isla cercana a la costa llamada "Isla Nueva" para encontrarse y enfrentarse en una tradicional batalla Pokémon contra alguien que se anuncia como el "Maestro Pokémon más grande del mundo".